Sinds de aanstelling van Emilio Botín maakte het concern, mede door de vele overnames, een stevige groei door. Eén van de belangrijkste slagen was de overname van Banco Central Hispano in 1999, waarmee Banco Santander de machtigste bank in Spanje werd. Daarnaast breidde Botín zijn financiële imperium ook sterk uit in Latijns-Amerika.

In Nederland werd Botín vooral bekend als onderdeel van het trio dat ABN Amro in 2007 overnam en in stukken hakte. Opvallend daarbij was dat zijn twee partners, Fortis en Royal Bank of Schotland, zich hevig verslikten in de overname van ABN Amro.